איך משפיעות חריגות בנייה על רכישת דירה והאפשרות לקבל משכנתא?

היי,
אני מעוניינת לרכוש דו משפחתי שיש בו חריגות בנייה (בערך חדר). הדירה מוחכרת מקק"ל בחכירה מהוונת. אני מעונינת לקחת משכנתא.
אני והמוכר מתלבטים האם לנסות להעביר את הבעלות על הנכס כפי שהוא עם החריגה או שמראש לפרק את החריגה (מוערך בכ 10-20 אלף שח ואז לא יהיה בעיה לחזור למצב החוקי של הדירה) ורק אז להעביר את הדירה.
בבנק אומרים שיתכן ויתנו משכנתא לדירה כזו בהתאם להערכת השמאי שישקלל את עלויות הפרוק.
בעירייה אומרים שמאחר ומדובר בחריגה ישנה ככל הנראה יתנו אישור לטאבו, בכפוף לתשלום אגרות פיתוח ורישום הערת אזהרה.

השאלות:
1. מה המשמעות של רישום הערת אזהרה לעירייה? מה הערת אזהרה זו אומרת? והאם אוכל לקבל משכנתא ולמשכן את הנכס תחת הערת אזהרה זו?
2. האם קק"ל עשוי מצידו להכשיל את העסקה ולסרב להעביר את הדירה על שמי עד להסדרת החריגות? או לחילופין לא לאפשר לרשום הערת אזהרה (לטובת העירייה או לטובת הבנק שיתן לי משכנתא) או למשכן את הנכס?
3. שאלה כללית - מה המשמעות לכך שהדירה מוחכרת מקקל ולא ממנהל מקרקעי ישראל? האם הדבר מהווה בעיה כלשהי (למשל לקחת משכנתא) או מוריד מערכה?

תודה רבה.