איך משפיע העדר הודעה למס הכנסה על הסכם שכר בנטו עם המעביד?

בחודש 12/06 התנלה ביני לבין המעביד מו"מ. במסגרת המו"מ סוכם כי שכרי יעמוד על סכום מסוים בנטו וכי המעביד יישא בכל ההפרשות כולל ההפרשות לביטוח מנהלים על כל מרכיביהן.
באותה שיחת שכר לא דובר על כך שהסיכום הנו נטו או ברוטו וכל אחד הבין את הדברים, כנראה, בצורה אחרת.
ביני לבין המעביד אין הסכם בכתב או מסמך עדכני אחר המסדיר את היחסים.
אני חשבתי כי השימוש בסכומי נטו במסגרת המו"מ הנו לצורך הקלה על המו"מ. עובדה שכל הזמן חשבתי שאסור לסכם בנטו באופן גורף (וכנראה כי טעיתי בהבנתי). מלבד זה, לא בדקתי את סכומי הברוטו בתלוש השכר במהלך השנים.
המעביד חשב כי הסיכום הנו בנטו.

ב- 1/08 וב- 1/09 חל שינוי במדרגות המס לטובת העובד.

כתוצאה משינויים אלה, הסתבר לי בדיעבד כי המעביד נהנה מהפחתת שיעורי המס וכי סכומי הברוטו פחתו בהתאם. הנטו נותר על אותו סכום במשך כל התקופה.

הצדדים לא הודיעו בכתב או בצורה אחרת למס הכנסה אודות הסכם השכר.

שאלותיי הן כדלקמן -
1) האם העדר הודעה למס הכנסה לגבי סיכום שכר בנטו כמתחייב מסע' 141 לפקודת מס הכנסה מכריע את הויכוח עם המעביד לטובת העובד, היינו יהא על המעביד לשלם את הפרשי השכר בעבר ולעדכן את השכר ברוטו בהתאם?
האם הדרישה בסע' 141 הנה מהותית או פורמלית בלבד?

2) הבינותי כי, עובד יכול בכל זמן נתון להודיע כי הוא מעוניין לעבור לסיכום ברוטו גם אם מלכתחילה סוכם שכר בנטו, ועל המעביד לכבד זאת. שאלתי היא - האם במצב דברים זה מחויב המעביד לשלם את שכרו של העובד בברוטו כפי שהיה ב- 12/06, היינו: כפי שהיה במועד סיכום תנאי ההעסקה ואין להתחשב בהפחתות אשר התרחשו במהלך השנים האחרונות, או שמא המעביד מחויב לשלם את שכרו של העובד בברוטו כפי שהוא היום ?

3) כיצד העדר קיומו של הסכם בכתב משליך על הסוגיה הנ"ל ועל היחסים עם המעביד באופן כללי ?