כיצד משפיע חל"ת על צבירת ימי חופשה ומחלה בזמן הריון?

שלום,

אני מועסקת בגוף ממשלתי ישראלי בחו״ל אשר חידוש החוזה נתון לשיקול נציבות שירות המדינה מעבר למכסה של 5 שנים.
הודעתי למשרד בדבר הריוני לאחר שחזרתי מחופשת לידה+חל״ת בשבוע מאוד מוקדם (לא מתוכנן) ובתגובה המשרד הודיע לי כי יפנה את אישור חידוש ההעסקה לנציבות שירות המדינה אך במקביל אינו רשאי לפטר אותי. במקביל, נאמר לי כי עניין זה יכול לקחת כשלושה חודשים (כשעד הלידה יש לי כחצי שנה) כך שאינני בטוחה שבאמת תעשה פנייה. המשרד בעל היסטוריה של נקמנות בנשים בהריון ולמרות שהינו עובדת מוערכת אינני סומכת על הנאמר לי.
בנוסף, נאמר לי כי בזמן העסקתי עד לאישור שירות נציבות המדינה לא (!!!) אצבור ימי מחלה והן ימי חופשה (נשמע לי אבסורדי, פגיעה בזכויותיי) ואילו רק לאחר אישור נציבות שירות המדינה אקבל את מכסת הימים המגיעה לי (כבר אמרתי שלדעתי לא תעשה פנייה?!?). האם מותר למעסיק שלא לתת לי ימי חופשה ומחלה בזמן שאקבל משכורת? אשלם מיסים? הפרשות לפנסיה (מקווה שמופרשים כספים לפנסיה לא וידאתי עניין זה).
יש לציין שלמשרד היסטוריה של הלנת שכר ופגיעה בזכויות נשים בהריון כך שאשמח לדעת במדוייק מה מגיע לי ע״פ חוק.

תודה,

הדס.