האם ניתן לשלם בונוס כצ'ק מול חשבונית ולא כתלוש משכורת?

שלום רב,
אני עובד שכיר במוסד כספי. שיטת התגמול בארגון מבוססת על שכר בסיס (לשם הדוגמא:10 אש"ח ברוטו) ובונוס רבעוני המבוסס על אחוז קבוע מהביצועים (סכום הנע בין 20 אש"ח ל500 אש"ח).

יש לי כמה שאלות בנושא:
1. האם זה חוקי לקבל את השכר כתלוש משכורת רגיל, ואולם את הבונוס כצ'ק מול חשבונית של עסק שאפתח?
2. בהנחה ש(1) אפשרי. הבוס שלי טוען שמאחר והוא מוסד כספי, הוא חייב במע"מ על השכר שהוא משלם (מס שכר), האם זה נכון, ובנוסף, האם משלמים מס שכר גם על בונוסים לא קבועים? ולבסוף, האם זה לגיטימי מצידו לקזז את המע"מ מהאחוז שסוכם עליו מלכתחילה?
3. אם אחת השאלות ב(2) היא כן: האם צריך גם לשלם סוציאליות על הבונוס? והאם מתן הבונוס כצ'ק מול חשבונית, פוטר את הארגון מלשלם מס שכר (שכן הוא לא הוציא תלוש משכורת על הסכום)?

אני ממש בבעיה, כי אני מרגיש שהבוס מנסה לצמצם את הסכום שהוא התחייב אליו מלכתחילה באמתלות מס שונות.

תודה מראש על כל עזרה.
אמיר