כיצד עליי להחזיר את השכר למעסיק לאחר קבלת דמי מחלה מביטוח לאומי?

נפצעתי בתאונת דרכים שהיא גם תאונת עבודה. 3 חודשים הוכרתי על ידי ביטוח לאומי וקיבלתי שכר מהם. במקביל, המשיך המעסיק לתת לי משכורת מלאה מתוך רצון להגן עליי בשכר עד שיגיע התשלום של ביטוח לאומי ותוך כך להמשיך את הביטוח שלי בהסכמה שאחזיר בדיעבד.
בהמשך,כביכול חזרתי למשרה מלאה ברמת המשכורת,אך לאור מצבי לא עבדתי מלא ועל השעות שהחסרתי הצהרתי כחופשת מחלה.
שתי שאלות שחשבת השכר לא הצליחה לענות לי:
1. כיצד הכי נכון כעת שאחזיר את השכר שאני חייבת למעסיק עבור התקופה שקיבלתי ביטוח לאומי - בצ'ק או בהורדה הדרגתית דרך תלושי שכר עתידיים? האם יכולה להיות כאן בעיה מול מס הכנסה בחישוב השנתי? אני לקראת סוף הריון וסביר שאין יותר מחודש אחד שבו ניתן לעשות זאת עד שתהיה יציאה לחופשת לידה.
2. חשבת השכר טוענת שחישוב ימי מחלה כולל שישי-שבת למרות שאלו אינם ימי עבודה.זה כמובן מעמיס מאד על כמות הימים המחושבת לי.
האם זה נכון?